Красавица Май Токиха и ёе младший брат Такуми получают приглашение на учёбу в престижную частную школу Фука, причем администрация школы выделяет им стипендию, что очень существенно для небогатой семьи.

Плывя на пароме к месту учёбы, Май участвует в спасении едва не утонувшей странной девушки Макото, извлеченной из воды с огромным черным мечом. Однако это чуть не стоило жизни ей самой – на судно с целью убить Макото проникает другая странная девушка Нацуки, и в их завязавшемся поединке, в котором обе используют мощные магические силы, паром начинает разваливаться на части. Пытаясь защитить Макото от Нацуки и её робота убийцы, Май внезапно открывает в себе HiME-способности – столь сильные, что Нацуки приходиться ретироваться.